Si borro un juego/mod en el q tenga Logros desbloqueados los logros seguiran estando en la lista de logros de mi cuenta(aunque el juego tmpoco este en la lista de los no instalados)?

of course, los logros se guardan en tu cuenta de steam no en el juego

Si, si te refieres a borrarlo de tu disco duro, no pasa nada, seguirás teniendo esos logros. si te aparecen en el steamcommunity no te desaparecerán.
Yo he borrado varias veces el TF2, el HL2:EP2 el L4Dy el Portal y no he tenido ningún problema.

¿Es por algún juego en concreto?

Si, Es por el mod age if chivarly el cual tiene Logros y como soy algo asi como un coleccionador de logros (XD) queria saver si cuando lo desinstale se borrarian los logros

No, con ese juego no habría ningún problema. Todos los logros de los juegos de steam que aparecen en esta web http://steamcommunity.com/stats/ se guardaran sin ningún problema.

En cambio, si son mods que descargaste de otro sitio y que no están en la tienda de Steam y/o las Estadísticas de Steam (http://steamcommunity.com/stats/), al eliminar el mod en sí, los logros también se eliminarán.