Como ya pasó en el HL2, nuevamente la fase final se centra en las luchas contra las tropas de la Alianza de Ciudad 17. Sin embargo, no sólo habrá soldados, así que tendrás que estar vivo con los ant lions y alguna otra sorpresa mayor. Cabe destacar la zona del hospital, donde se vivirá una lucha a tres bandos.

Se oyen disparos y la voz de Kleiner por megafonía... ¡Sí, es la superficie! Sales del ascensor sabiendo que lo peor ha pasado, pero ves que no hay manera de salir de esa zona. Mientras Alyx trata de pedir ayuda a nadie, te diriges hacia la manivela para abrir la verja y coger los suministros que hay, además de buscar otra manivela entre las cajas. Cógela y llévala hacia la verja donde está Alyx, y ponla en su lugar para poder abrirla y salir, de una vez, de ahí. El paisaje no podía ser más desolador: Ciudad 17 ha sido completamente arrasada por las tropas de la Alianza, que están combatiendo como pueden a la resistencia, que poco a poco va escapando de la ciudad y de fondo, una Ciudadela que está en las últimas. Puedes observar a Kleiner por el monitor, y ya de paso te enteras de nuevas cosas, antes de seguir el camino por detrás de donde has subido, quitando unas placas metálicas que te bloquean el paso. Coges la caja de suministros, eliminas los escáneres y retiras las nuevas placas que bloquean el paso. Ahora ten cuidado en esta calle, ya que aparecerán nuevos soldados de la alianza que bajarán desde los tejados. Recoge las metralletas de los soldados muertos y cuando llegues al fondo, la estructura metálica se levantará y te permitirá pasar. En esta nueva calle, encontrarás un aliado, que además es médico, por si necesitas que te cure. Ayúdale a combatir a los ant lions y soldados que saldrán. Tienes tres agujeros de los que salen los ant lions y tres vehículos para taparlos, así que ya sabes. Antes de abrir la puerta bloqueada con un tablón de madera, tienes un botiquín cerca de la entrada a esta zona y una caja de suministros un poco más adelante, además de las metralletas de los soldados muertos. Al abrir la puerta, verás unos soldados colocando minas en las paredes. Dispara a las minas para harcelas explotar y matar a los soldados, si es que siguen vivos. Las escaleras de la derecha estarán envueltas en fuego debido a la explosión y a una fuga de gas. Ve por la izquierda y recoge las cajas de suministros que están junto a otra mina, hasta la habitación contigua, que está un poco destrozada. Verás un recipiente que contiene gas con una llave para cerrarlo. Para alcanzarlo, deberás saltar desde las tuberías de la izquierda, aunque deberás meter algo debajo de ellas para hacer palanca y que no se bajen cuando andes sobre ellas. Ahora sube por las escaleras al piso de arriba, donde te esperan unos cuantos zombis y una mina que le darás a Alyx para que la modifique y te ayude a cargarte a los zombis. En este piso tienes un botiquín y una carga para el traje de protección. Baja por las escaleras del fondo (te darás cuenta que hay un francotirador al otro lado de la calle) y coge la otra mina para que la modifique Alyx. En esta nueva calle, además de aparecer algún que otro ant lion, están el francotirador de antes y un par de soldados. Las minas se encargarán de los soldados que está en la callen, pero para eliminar al francotirador, deberás lanzar una de las minas a su ventana. Si no eres muy amigo de las minas, puedes ir hasta el andamio que hay bajo la ventana del francotirador y coger las granadas que hay en una caja de suministros (además, hay un botiquín y otra caja un poco más atrás). Una vez haya muerto el francotirador, Alyx se subirá a esa ventana, entrará dentro y cogerá el rifle para ofrecerte cobertura en esta parte. Sube por las escaleras que te baja Alyx y presientes que en estos tramos de barricadas no va a haber nada bueno. Bajas y al avanzar te aparecerá una buena horda de zombis, así que mantente a la vista de Alyx y muévete mucho para irlos esquivando y matando. La precisión de Alyx es milimétrica, así que no te preocupes. En la sala de la izquierda tienes una caja de suministros, mientras que en la del fondo a la derecha, tienes en un pequeño cuarto, nada más entrar, un headcrab con otra caja. Sube las escaleras y llegas a un pasillo que iba de lado a lado de la calle. Puedes quitar los tablones para que Alyx vea mejor los zombis que saldrán cuando avances por el pasillo. Coge las cajas de suministros que hay en este piso en abajo, en el portal. Sales de nuevo a la calle, al otro lado de la primera barricada y ves un puesto de la Alianza y ant lions que irán saliendo de un agujero. Tranquilo, porque Alyx y un soldado con una ametralladora te defenderán, pero antes deberás eliminar al soldado para evitar problemas mayores. Ahora tapa el agujero de los ant lions y asalta el puesto cuando abran la puerta. Cuando lo hayas tomado, coge las cajas de suministros y espera a Alyx, que vendrá perseguida por unos cuantos ant lions. De repente ocurre algo en la Ciudadela. Te das la vuelta y ves de fondo una serie de destellos que indican que la transmisión dará comienzo de un momento a otro... Hay que salir cuanto antes de Ciudad 17. Alyx quita la red para poder continuar.

Coge las cajas de suministros y avanza por los pasillos hasta llegar a una sala de control, defendida por unos cuantos soldados. En esta sala hay todo un arsenal de armas, como el rifle de asalto de la Alianza, botiquines, cargas para el traje de protección, y un par de paneles para curarte y recargar el traje. Sin embargo, un Combine Advisor detectará vuestra presencia y unos soldados tratarán de mataros entrando de sorpresa. Sin embargo, ocurrirá lo contrario. Sal por la puerta y encárgate del otro soldado que hay, antes de subir por las escaleras. Ves un montón de botiquines y cargas para el traje de protección y una pasarela que se acaba. Los que no hayas usado, tíralos abajo, ya que te vendrán bien (incluso el bidón explosivo te puede venir bien). Cuando bajes, verás una enorme lucha entre ant lions y un ant lion guard contra los soldados de la Alianza, que ves cómo son eliminados uno por uno. Ya sabes que toca ahora. Elimina primero al gordo y luego dedícate a los pequeñitos, con el objetivo principal de tapar los agujeros de los que salen. Una vez hayas terminado, dedícate a coger todos los botiquines, cargas y munición que hay en esta zona, antes de asaltar el siguiente puesto militar. Una vez capturado, recoges la munición y te curas en el panel, antes de bajar por el agujero que hay en el suelo. Ten cuidado con la mina saltarina que hay en esta habitación, tras los barriles explosivos y, como la puerta está cerrada, métete por el conducto de ventilación de la izquierda. Si te metes en la bifurcación por la derecha, llegarás a un par de cargas para el traje de protección, mientras que si sigues de frente saldrás del conducto, aunque no de la mejor forma. Has caido en una habitación llena de minas y explosivos, así que con cuidado retiras la rejilla que hay en la parte de arriba del conducto y te metes en el ascensor sin armar mucho jaleo. Al bajar, caerás sobre una zona inundada, con lo que sal rápido del ascensor y entra en la sala repleta de explosivos (puedes hacerlos saltar por los aires, si quieres), teniendo cuidado con los barnacles , cogiendo el botiquín que hay en el hueco del ascensor. Dentro de esta sala, hay una salita, con la ventana rota y un headcrab. Entra a ella, coge los botiquines y métete al conducto de ventilación, que te llevará, de nuevo al hueco del ascensor. Vete saltando de lado a lado por la estructura hasta alcanzar la escalera para subir. Desde arriba, verás un nuevo conducto de ventilación, al cual debes acceder para llegar a la sala donde está el panel de la corriente que abrirá las puertas, aunque deberás tener cuidado con los explosivos y las minas saltarinas. Cuando llegue Alyx, continúa por el pasillo hasta la siguiente sala.

Deshazte de los explosivos que hay en esta sala y coge todo el material que hay en las cajas, en el suelo y en las taquillas, que te vendrá muy bien. Cuando te acerques a la escalera, el dispositivo de la puerta comenzará a pitar: a cubierto, vienen soldados. Elimínalos y recoge todo del arsenal de armas que hay (entre otras cosas, la ballesta). Quita el cable del enchufe para apagar la red que había abajo y permitiros salir a una nueva calle, con la Ciudadela de fondo. Verás un nuevo combate entre los rebeldes y los soldados, que aparecen por todas partes. A medida que vayas avanzando por la calle, saldrá un aliado con un lanzacohetes, que si esperás a que se lo carguen, será tuyo. También aparecerán soldados de la puerta del fondo. Cuando cojas todos los suministros, munición, botiquines, etc, habrá un rebelde esperándote en una puerta para permitirte pasar a su piso franco, así que síguele, sin dejarte por el camino la carga para el traje de protección y un par de cajas de suministros. Dentro del piso franco, aún quedan varios rebeldes, que se han quedado un atrapados, viendo a Kleiner en la tele. Avanzas por el pasillo (en el cuarto junto al símbolo Lambda hay un botiquín) y subes las escaleras al segundo piso (más que nada, porque un cohete con headcrabs te impedirá subir más) y quitas la tabla de la puerta para poder pasar y ser recibido por dos zombines. Al entrar en la siguiente habitación, verás una carga para el traje de protección y un par de botiquines, que si los vas a coger, ves que el suelo se viene abajo y caes junto a unos cuantos zombis, muy fáciles de eliminar. También tienes dos cajas de suministros y un botiquín a la salida a las escaleras (ya de paso, puedes escuchar a unos rebeldes hablar mal de Kleiner y de Black Mesa por un agujero en el suelo). Vuelve a subir al piso de arriba, y continúa, subiendo las escaleras que hay en la siguiente habitación (protegida por un zombine) que te llevan hasta donde está Barney, al fondo del pasillo. Os explica cómo está la situación y entre él y Alyx idean un plan para llegar a la estación. Barney bajará la pasarela metálica y te dará una nueva palanca. Cruza al otro lado, donde te estará esperando Alyx, quita el tablón que tapaba el hueco y verás que aparecerá una nave de guerra de la Alianza al cruzar al otro edificio, donde tienes unas cajas de suministros en este piso y otros tantos headcrabs subiendo las escaleras y dos zombines. Aparecerán varios soldados en el edificio de enfrente, y la nave de guerra estará acechando. Deberás desbloquear la polea de la pasarela para que ésta baje y puedas acceder al hospital.

Una vez dentro, avanza por el pasillo, hasta llegar a una puerta, que te dará acceso a un nuevo pasillo repleto de soldados y zombis. Además, la nave de guerra estará fastidiando mucho desde el exterior. Al fondo, tienes cajas de suministros, que te vendrás bien antes de llegar a la siguiente zona, donde podrás ajustar las cuentas con la nave de guerra. Estás en lo alto del edificio, con toda la estructura de madera y la nave de guerra no tardará mucho en echarla abajo para darte caza. Verás cómo un rebelde con lanzacohetes es convertido en papilla, así que si todavía no tenías el lanzacohetes, éste es el momento de cogerlo. En el piso de arriba tienes un baúl con cohetes para la ocasión, y en los dos pisos que tiene esta zona tienes alguna caja de suministros con botiquines. Cuando acabes con la nave de guerra, Alyx te felicitará por tu labor antes de continuar por la puerta del piso de abajo que, estará bloqueada hasta que lleguen los soldados. Un cohete, y adiós problemas. En el pasillo tiens más objetos para coger, además de poder registrar en las taquillas y tener un buen suministro de escopetas (pero ten cuidado con las minas). Alyx se hará con una antes de quitar la red que os permitirá acceder al siguiente pasillo. Donde ya comenzará lo bueno. Ahora hay una serie de pasillos con diversos cuartos a los que puedes acceder, con cajas de suministros (acuérdate de mirar en los armarios), donde los soldados están tratando de contener como pueden la horda de zombis que se les echa encima. Deja que se maten entre ellos antes de intervenir. Al final llegarás a una puerta cerrada donde verás varios zombis al otro lado intentándola echar abajo. Antes de abrirla, si vas a los cuartos del final del pasillo, en el de la derecha verás dos soldados atrincherados. Cuando los mates, puedes coger una caja de suministros, en la que hay un núcleo para el rifle de asalto, que te recomiendo no usarlo hasta la fase final del juego. En la habitación de enfrente también tienes más cajas. Al salir, los zombis echarán la puerta abajo, los eliminas y accedes a esa sala, donde hay un agujero en el suelo. Al bajar, el suelo se hunde y caes en una sala inundada, con varios barnacles. Oirás a Alyx repartiendo plomo a diestro y siniestro, pero eso ahora no importa. Bucea un poco para poder salir cerca de una especie de cuarto que hay dentro de esta sala, donde hay dos headcrabs, una caja de suministros y cargas para el traje de protección. La puerta que hay está cerrada, con lo que habrá que activar la corriente, para lo cuál deberás ir hacia la otra punta de la sala, donde hay un par de cajas de suministros y un accionador de la corriente. Sin embargo, antes de accionarlo, deberás poner el bidón azul flotante bajo la pasarela para evitar que se hunda la pasarela cuando pases sobre ella, provocando una buena descarga eléctrica al tocar el agua. En esta parte, deberás estar atento a los barnacles que cuelgan del techo. Sal con cuidado saltando de la pasarela a las tuberías y de ahí al cuarto, desde el cual podrás salir ya por la puerta y subir al piso de arriba, donde bajará Alyx para continuar hasta la siguiente sala, donde en el piso de abajo hay un zombi y varios headcrabs. Acaba con ellos y baja. Ahora ármate hasta los dientes y prepara una buena defensa, ya que se aproxima una buena horda de zombis, que entrarán por las puertas. Puedes colocar las minas saltarinas por ahí para cargarte algún zombi. Una vez acabes con todos, sal por el único camino posible, recoge los botiquines y cargas del armario de la habitación en la que está el cadaver calcinado y sal por la puerta hasta el siguiente pasillo, donde saldrán un montón de zombis. Además, deberás tener cuidado con las minas y las ametralladoras automáticas, que dejarán de estorbarte cuando quites el cable del enchufe que mantiene la red del fondo activada. En los cuartos de este pasillo tienes varias cajas.