Al fondo ves un soldado en una sala de control que parece estar hablando con un Combine Advisor. Cuando te acerques, sonará la alarma, y los soldados tratarán de eliminarte. Además, se bloquearán todas las puertas. Alyx verá en el ordenador qué es lo que está pasando, y es que la Alianza estaba buscando destruir el reactor, algo que debes impedir a toda costa. Alyx te mostrará el núcleo del reactor y te llevará a la sala de control adyacente a la que estás, con un panel para curarte y recargar escudo, desde donde estará vigilando tu trabajo. Hará subir el ascensor que hay en esta sala, al que deberás entrar para entrar en el reactor y comenzar, así, el mayor puzzle visto en el HL2 hasta ahora, que incluso, podría ser comparado con el visto en el capítulo "Núcleo Lambda" de HL. Una vez dentro, verás un stalker que, como has visto hasta ahora, no te pondrá las cosas fáciles para poder ir activando las pasarelas. Además, es posible que se vuelva un poco agresivo al ver como interfieres en su trabajo. Por ello, elimínalo con un núcleo. En este primer piso hay dos pasarelas y tres accionadores como los ya vistos hasta ahora. Para activar la de la derecha, según has entrado, deberás activar la del fondo y la que quedaría en la misma pared de la entrada (es decir, a tus espaldas). Apresúrate para pasar, ya que otro stalker tratará de destruir el núcleo y desactivar la pasarela. Una vez pasada, elimina al otro stalker y activa la otra pasarela (reactiva la primera si el stalker la desactivó). Para ello tienes otro accionador que queda al otro lado de la pasarela. Cuando pases la segunda pasarela, llegas hasta un pulsador, que cambia de orientación las pasarelas y te permite acercarte hasta el núcleo. Sube las escaleras con cuidado de no tocar el rayo ni el núcleo, ya que te desintegrarías al instante. Una vez arriba, cruza por la pasarela al otro lado y avanza por el pasillo hasta la primera de las tres salas de control a las que deberás ir. Elimina a todos los soldados que hay y estudia lo que hay que hacer. Puedes ver un nuevo accionador en esta sala, pero no hay núcleos, así que vuelve al reactor, coge uno y mételo antes de que se desintegre. Con ello, verás que se activa un mecanismo encargado de lanzar un rayo de contención. Sin embargo, como he dicho ates, hay que pasar por tres salas de control, así que hay que proseguir el camino por la puerta que se acaba de abrir (pero antes, recarga vida y escudo en el panel, que te hará falta después de luchar contra los nuevos soldados y robosierras que aparecerán). Al fondo del pasillo hay una entrada al conducto por el que circulan núcleos. Debes retirar la puerta por la fuerza y entrar en el conducto con cuidado para llegar a una abertura en la pared retrocediendo un poco por ese conducto. No vayas a lo loco intentando esquivar los núcleos, ya que éstos impactarán sobre ti y te harán retroceder, quitándote vida. En vez de eso, estudia la secuencia que tiene la salida de núcleos y avanza poco a poco, desplazándote de izquierda a derecha, agachado o de pie. Es más fácil de lo que parece. Continúa por los conductos hasta llegar a un pasillo con varios soldados y que te lleva de vuelta al núcleo del reactor.

Ahora, algo más difícil: debes cruzar por la pasarela hacia el núcleo, y rodearlo hacia la pasarela de la izquierda sin tocarlo (ya sabes lo que pasaría si lo haces) y continúa eliminando soldados hasta que llegues a la segunda sala de control. Coge el núcleo que hay en esta sala (si por desgracia, ya lo usaste, deberás coger uno del reactor) y úsalo para accionar el mecanismo de contención (bien, ya sólo queda uno!)
y espera a que se abra la puerta para subir por el ascensor que te lleva a un nuevo pasillo con más soldados y un nuevo panel para curarte y recargar el escudo, antes de llegar a la zona más alta del reactor. Deberás saltar sobre las plataformas que van girando para poder alcanzar suelo firme en el otro lado. Pero esto no será tan fácil, porque habrá robosierras y soldados tocando las narices. Mientras haces esto, Alyx observa boquiabierta desde la sala en la que está, así que lúcete. Una vez hayas llegado, más soldados aparecerán por el pasillo, mientras te dedicas a eliminarlos antes de llegar al fondo del pasillo, donde ves que puedes entrar a unos nuevos conductos, que te llevan a otro conducto por el que circulan núcleos. Avanza con cuidado por él hasta la salida, que coincidirá con la tercera sala de control, con menos soldados de lo habitual. Esta vez, el núcleo deberás cogerlo del conducto (para ello, hay una pequeña abertura en la pared) y lanzarlo al accionador. ¿Eh? ¿Qué pasa? Vaya, parece que el núcleo ha fallado y el mecanismo no funciona justo cuando estaba a punto de terminar el trabajo. Bueno, da igual, ya que entras al habitáculo en el que estaba el mecanismo y ves que faltan núcleos por colocar en los tubos portanúcleos. Si buscas por la derecha, hay un agujero en el techo que coincide con el conducto de los núcleos, así que coges tres núcleos y los pones en los portanúcleos, PERO para el tercer núcleo, colócate sobre el elevador que hay donde has entrado, ya que si no, te quedarás encerrado. Una vez arriba, vuelve a accionar el mecanismo, que ahora no fallará, y podrás ver como el núcleo vuelve a ser controlado en el reactor y retrasas un desastre que era inminente. Mientras se controla el núcleo, verás que la pistola anti-gravedad vuelve a su forma original, por desgracia, y que pierdes todos los puntos de tu traje de protección. Se abre la puerta y llegas a la sala de control donde estaba Alyx, que se alegra mucho de tu trabajo y te comenta que ha conseguido unos datos importantes acerca de la Alianza. Aprovecha para recargar el traje y curarte en el panel, si no lo agotaste antes. Ahora hay que salir de Ciudad 17, así que sigue a Alyx hasta el sistema de transporte de la Ciudadela. Sin embargo, ha saltado la alarma y las cosas no serán tan fáciles como parecían.

Corre sin miedo hasta el final del pasillo, ya que aparecerán soldados por detrás. Alyx se encargará de retenerlos bloqueando la puerta, pero por la espalda, aparecerán dos minas, que cogerás y darás a Alyx para que las manipule. Unos cuantos soldados se pondrán en posición en la sala para atacaros, así que uno de ellos abrirá la puerta y se encontrará con las dos minas que le darán de lo lindo. Espera a que acaben con todos y corre a curarte al panel que hay y móntate rápidamente en el vagón, ya que aparecerán nuevos soldados. Alyx pondrá en marcha el tren para salir a toda leche de Ciudad 17. Sin embargo, no estáis sólos en el tren, ya que os acompañan un montón de stalkers que estarán quietitos. Cuando todo parecía ir bien, el tren descarrila y tenéis un accidente. Despiertas de nuevo y ves que los stalkers que han sobrevivido al accidente están nerviosos, pero no atacarán. Sin embargo, Alyx está pasando mucho miedo, ya que ha quedado atrapada por uno de ellos y no puede liberarse, así que con la pistola anti-gravedad, y tirando de la cápsula en la que va, se lo quitas de encima y salís del vagón por la puerta y pasas por el hueco que hay bajo los escombros.