Recuerdos de Breen vienen ahora a la cabeza de Gordon, justo en el momento en el que explotaba la Ciudadela. Sin embargo, ahora las cosas son distintas a cuando finalizó el Half-Life 2. Si se supone que G-Man te había devuelto a un letargo espacio-temporal, esta suposición se va al traste con la increible e inesperada introducción al primer episodio de la saga.

Estás en lo alto de la Ciudadela, con el teletransporte de la alianza en plena explosión... y el tiempo detenido (ummm... este escenario me suena...). De repente, algo de lo que conocíamos cambia: un gran número de Vortigaunts parece que se han trasladado por el espacio-tiempo y han llegado a donde estáis Alyx y tú. A ella la rescatan, ante su asombro, y un instante después observas como la explosión parece que te va a matar. Sin embargo, aparece G-Man ante ti y ocurre algo que no se esperaba. Los Vortigaunts van a lograr terminar con su influencia sobre Gordon Freeman, aunque antes de ello, soltará un amenazante "Eso habrá que verlo".

Despiertas en una zona muy oscura, más concretamente bajo un montón de escombros y rocas, y ves como Dog, la mascota de Alyx, te encuentra y te saca del montón de rocas. Alyx se alegrará mucho de verte y pedirá a Dog que te dé la pistola Anti-gravedad. Ahora es el momento de hacer algunas reflexiones cuando ves que estás en la base de la Ciudadela, que está desmoronándose. ¿Cómo se ha logrado llegar hasta ahí? No tienes respuestas para ello, pero intuyes que los Vortigaunts tienen algo que ver. Sigue a Alyx, que tratará de ponerse en contacto con Kleiner y Eli, de este modo te enterarás de algunas cosas importantes. Verás que Alyx trepa por la pared, pero tú no puedes seguirla. Si bordeas un poco, verás que hay unos tablones que sujetan una valla metálica. Quítalos para que caiga y forme una pasarela para que puedas llegar al monitor con el que está Alyx hablando, y aprovechas para coger los botiquines de la mesa y curarte. Si escuchas a Kleiner, verás que la situación es realmente complicada y que tu aventura en la Ciudadela todavía no ha terminado, ya que hay que volver a entrar en ella para estabilizar el núcleo, tal y como ha indicado Kleiner. Dog os ayudará a Alyx y a ti en esta parte, primero levantando la nave de la Alianza estrellada, que bloqueaba el paso. Llegas a un precipicio y con cuidado vas avanzando y saltando, retirando el vehículo, procurando no caerte. No te preocupes por Alyx, ya que te seguirá prácticamente durante toda esta aventura. Llegas a una zona desde la que puedes ver un gran agujero por el que entrar... pero está demasiado lejos. Dog ideará un buen plan para meteros dentro del edificio, aunque un poco descabellado. Conseguirá un vehículo en el cuál tendrás que meterte junto a Alyx para poder entrar en la Ciudadela gracias a la ayuda de Dog, al cual puedes ir despidiendo, ya que no volverá a aparecer. La vuelta a la Ciudadela será muy accidentada, pero tanto Alyx como tú salís ilesos. Sal del vehículo (ufff... de buena os habéis librado) y echa un ojo a la zona. Realmente es espectacular como está la Ciudadela por dentro, desmoronándose continuamente... un paisaje apocalíptico. Pero bueno, no se ha ido a pasar el rato, así que rápidamente, manos a la obra. Avanza por el único camino posible, donde una explosión tratará de sorprenderte, pasa al otro lado por el puente y continúa por los pasillos.

Observas como el camino se termina en una gran caída, así que te fijas en el lado izquierdo de la pasarela y saltas sobre suelo firme para continuar por un pasillo que te lleva hasta una sala de control, donde se pueden observar los primeros stalkers de cerca. Alyx tratará de quitar la red que impide continuar el camino, así que te pedirá que elimines a los stalkers que le impiden hacerlo. Para ello, deberás buscar un método bastante rebuscado. Deberás salir por la izquierda, con cuidado de no caerte y buscar una mina para acabar con ellos. Hay un hueco en el lado izquierdo por el cual puedes entrar y avanzar hasta llegar a una zona desde la que puedes observar un buen número de minas en un tubo. Baja sobre la plataforma que hay y salta a la estructura antes de que te estampes contra el suelo. Puedes observar que un elevador, que antes no funcionaba, ahora funciona, y en él deberás subir. Dirígete hacia las minas, y aprovecha ya de paso para recargar el escudo y curarte, y prepárate, porque cuando pulses el botón, caerán todas sobre ti. Deberás deshacerte de todas menos una (cógela con la pistola anti-gravedad), pero no te preocupes si pierdes todas, ya que tendrás otro cargamento listo. Una vez elegida la mina,dirígete hacia el elevador, móntate en él y acude a donde está Alyx para que manipule la mina y no os ataque (esto lo puedes usar de aqui en adelante para lograr que las minas os ayuden en alguna parte del juego para eliminar enemigos). El único problema está en que cuando pase un rato, las minas se vuelven inestables y explotarán, así que ten cuidado y no estés cerca cuando cojan el tono rojizo. Una vez que Alyx haya preparado la mina, suéltala dentro de la sala en la que están los stalkers y espera a que haga su trabajo. Luego, Alyx abrirá el camino para que podáis continuar por el único camino posible. Mientras avanzáis, veréis un stalker intentando contener nucleos que se escapan de su camino, unos cuantos soldados de la Alianza que salen volando por los aires... Llegarás a esa zona y deberás quitar algunos objetos de tu camino para poder continuar, subir las escaleras y saltar la valla. A la derecha parece que se acaba el camino, pero unos soldados activarán una pasarela y correrán hacia vosotros. No te preocupes por ellos, ya que, como verás, tendrán un pequeño accidente. Sin embargo, ahora tienes un ligero problema. Deberás atravesar la pasarela larga con una especie de campo de succión que te tirará de ella. Si lo estudias con tranquilidad, ves que pasa un tiempo entre que se desactiva y se vuelve a activar. Mientras esté activado te puedes pasar una parte de la pasarela, y cuando se desactive, esprinta para pasar la zona del campo de succión. Alyx te seguirá y podréis seguir por el pasillo, hasta una nueva sala de control. Al llegar verás como salía una especie de cápsula (¿qué demonios era eso?). Si te fijas, bajo tus pies, hay montones de esas cápsulas . Alyx se conectará al ordenador para buscar información, pero será descubierta por un Combine Advisor, y sonará la alarma. Entonces, bajo tus pies, verás una enorme cápsula como la anterior, con un auténtico ser de la raza Combine, que cuando esté a punto se salir, lanzará una especie de ataque psíquico que os afectará momentáneamente. Una vez se haya ido, Alyx abrirá un nuevo camino, que te llevará hasta un sistema de seguridad que te inmovilizará y tratará de destruirte el arma. Como ya pasó en el HL2, la pistola anti-gravedad se verá modificada y mejorada. A partir de este momento comienza lo bueno...

Continúa por los pasillos hasta que llegues a una pasarela que está semi-activada (antes, tienes un panel para curarte y recargar escudo). Digo semi-activada porque, a diferencia de otras veces, no hay ningún botón que la active o desactive. La única manera de activarla es lanzando los núcleos, pero ¿hacia dónde?. La respuesta es fácil. En frente, unos metros por debajo, tienes un par de estructuras, una de ellas con más brillo. Pues bien, ese brillo se debe a que tiene un núcleo en su interior, y gracias a ello, ha activado su parte de la pasarela. La otra, sin embargo, necesita un núcleo, así que te asomas un poco y coges uno de los que están volando, con la pistola anti-gravedad, y lo lanzas contra esa estructura, que se encargará de atraparlo. Con ello, se activará la pasarela y podrás pasar al otro lado, donde te esperan los primeros soldados. Alyx te ayudará a deshacerte de ellos, pero lo mejor es que estuvieses el menos tiempo posible en la zona, con lo que deberás activar una nueva pasarela, esta vez con dos núcleos para llegar a la siguiente plataforma, con más soldados de la Alianza. Deberás activar la siguiente pasarela, a diferencia, ahora, que para activar la parte izquierda de la pasarela, deberás lanzar el núcleo haciéndolo rebotar para que supere la placa que tapa la estructura, rebote sobre la misma y active la pasarela. Puede que cueste un poquito, y más aun con los soldados que no paran de agobiar, pero lo ideal sería buscar un buen ángulo de disparo para lanzar el núcleo. Una vez activada la pasarela, cruza al otro lado y avanza por los pasillos hasta la siguiente zona abierta, habiendo eliminado un par de soldados más. Deberás caminar con cuidado de no caerte, y verás un par de striders, que no harán nada, y una nave de transporte que se estrellará, antes de llegar a una abertura en la pared, donde deberás entrar. Alyx abrirá una puerta que da acceso a un largo pasillo que lleva hasta un elevador.

Recárgate las pilas en el panel y prepárate para esta parte, que será un poco complicada. Lo primero de todo, debes activar el elevador para que baje, con lo que coges el núcleo que hay a la izquierda y lo lanzas a la misma estructura que servía para activar la pasarela. Comienza a bajar lentamente el elevador y comienzan los problemas: el desmoronamiento de la Ciudadela provocará que caigan piezas de distintos tamaños sobre el ascensor (incluso algún que otro soldado), de las cuales, las más grandes provocarán la destrucción del elevador, con la correspondiente caída de Alyx y Gordon. Alyx te irá avisando para que evites el impacto (emplea la pistola anti-gravedad para ello) hasta que se detenga el elevador. Deberás coger un núcleo para activar de nuevo el elevador, pero el problema es que no puedes lanzarlo directamente, así que con una carambola y colándolo por la puerta, podrás activarlo. En este nuevo descenso, caen más objetos desde arriba, así que ten cuidado. Se vuelve a detener el elevador y vuelves a hacer lo mismo de antes para continuar bajando, pero cuando parece que comienza a bajar, el elevador se detiene y vuelve a subir. Al repetir el proceso, ocurriría lo mismo, y todo se debe al stalker que hay en la sala de control, así que, con un núcleo y una carambola, lo mandas a freír espárragos para poder continuar tu camino hacia el reactor de la Ciudadela. En esta bajada, más rápida, no tendrás problemas, salvo que tendrás que bajarte muy rápido del elevador en la plataforma que hay para evitar ser aplastado por parte de la estructura que te ha derrumbado (no trates de frenarla, que es imposible, tan sólo, salta rápido). A la izquierda, tienes un panel, por si lo necesitas, antes de continuar por el pasillo, donde se abrirán dos puertas, que te darán acceso al siguiente nivel.